Masashi Kishimoto nació el 8 de noviembre de 1974 en un pueblo de la prefactura de Okayama, Japón.
Masashi es hermano de Seishi Kishimoto, ambos son gemelos y siempre fueron aficionados al manga y a los videojuegos, echo fundamental para terminar siendo uno de los autores mas populares de nuestra época, junto a su hermano que se estrenó unos años mas tarde (con la obra 666-Satan).
Kishimoto ha crecido influenciado por los diseños de Akira Toriyama, autor de Dragon Ball al que admira, con lo cual mucha gente compara Naruto con la obra de Toriyama y no es para menos, pues tiene muchas similitudes, tanto en hechos como en historia.

Aunque ahora pudiera parecer un importante autor de renombre, su carrera fue muy dura ya que no conseguía que le editaran las obras y eso que llevaba dibujando mangas desde el instituto.

La primera obra que envió al semanario Shonen Jump fue Karakubi (mecánico) y seleccionado para los premios Hot Step Award de Sueisha (editorial de Shonen Jump), pero fue la menos popular en las votaciones.
Siempre critica que su principal defecto es que no sabe dibujar personajes femeninos, y se lleva mejor con personajes ancianos o niños jóvenes de bandas o algo gamberros.

Tras ganar le premio Hot Step, con algo mas de confianza creó la obra de Michikusa (Hierba del camino). Esta empieza cuando un estudiante de primaria y sus amigos, encuentran una cartera llena de dinero. Entonces se lo reparten y a partir de ahí empiezan a meterse en líos. Esta fue la primera historia que le rechazaron, pero tampoco fue la última.
Tuvo que batallar mucho hasta que por fín, debutó con la obra Naruto en 1999, en el número 43 del semanario de Sueisha, Shonen Jump.