Orochimaru y sus ex-compañeros de equipo, Jiraiya y Tsunade, se conocen como los Sannin legendarios o simplemente Sannin.
Sus padres murieron cuando él era joven, mientras que, el tercer hokage reconoció rápidamente el talento natural de Orochimaru, diciendo a menudo a Jiraiya por que no te pareces mas a Orochimaru. El Tercero estaba al tanto de la maldad dentro de Orochimaru, pero eligió fingir no notarlo porque esperaba que podría calmarse esta parte de la personalidad de Orochimaru. Mientras pasaban los años, éste formo una gran amistad con Jiraiya, aunque no carente de rivalidad.
Después de pasar muchos años de aprendizaje con el tercero, Orochimaru comenzó a estudiar sobre sus deseos internos de obtener inmortalidad con la esperanza de poder aprender todos los jutsu existentes. Para lograr esta meta, Orochimaru comenzó a secuestrar a aldeanos y a experimentar con ellos, intentando entender mejor cómo trabaja el cuerpo y qué modificaciones podría realizar.
En un experimento, Orochimaru puso a diez niños su propio sello maldito en un esfuerzo de ver cuál era su tasa del éxito. Uno de los diez seria su propio estudiante, Anko Mitarashi, ya que ella fue la única en sobrevivir. En otro experimento, él inyectó los genes del Primer Hokage en sesenta bebés con la esperanza de que consiguieran y dominara la técnica Mokuton, y la capacidad de controlar a los Bijū. Orochimaru creyó que todos los bebés de prueba habían muerto pero en realidad, uno de ellos, Yamato, sobrevivió, y conservó las capacidades que Orochimaru había deseado.
Mientras que el sannin realizaba sus experimentos en secreto, también intentó adquirir la posición de Hokage con la esperanza de que tal posición le permitiera el acceso a jutsu secretos. Como el tercero estaba cerca de retirarse, procuró enseñar a Orochimaru sobre el concepto de que el shinobi solamente es fuerte al proteger otros, y que todos los miembros de una aldea deben ser considerados como una familia. Orochimaru, sin embargo sólo deseó el título por los privilegios que le proporcionaría. Decepcionado por los puntos de vista de su estudiante, el tercero pasó el título de Hokage a uno de los estudiantes de Jiraiya, negando a Orochimaru la posición que ansiaba.
Orochimaru comenzó a ser menos discreto con sus experimentos, permitiendo que el Tercero descubriera lo que hacía. Al ser descubierto, el alumno dio a su maestro anterior la ocasión de matarle, pero el Tercero no podría hacerlo, así que permitió que se escapase. Cuando huyó de la aldea, Jiraiya, pensando en Orochimaru como un gran amigo, intentó pararlo y persuadirlo para que volviera a Konoha, aunque Orochimaru lo rechazó y se fue de Konoha para siempre, adquiriendo gran odio a su antiguo hogar.
Después de dejar Konoha, Orochimaru entró en Akatsuki, donde pasó a formar equipo con Sasori. Mientras que perteneción a la organización, el nombre de la misma era desconocido. También se sabe que intentó tomar el control del cuerpo de Itachi Uchiha para conseguir su Sharingan. Debido a sus capacidades, Itachi pudo prever las intenciones de Orochimaru, y cortarle la mano en que llevaba su anillo de Akatsuki tras revertir la técnica. Al no poder tomar el cuerpo de Itachi, Orochimaru dejó la organización, se llevó su anillo con él, y Akatsuki está, quizás consecuentemente, preocupada por capturarlo desde entonces. El encargado de hacerlo era el miembro Deidara.
Al ser uno de los legendarios Sannin así como un miembro anterior de la Organización Akatsuki,Orochimaru es un ninja calificado de "genio". Sin embargo ha exhibido solamente una cantidad limitada de jutsu. Desde que se fue de Konoha ha hecho muchas modificaciones a su cuerpo, dando por resultado su forma natural actual, que es la de una serpiente blanca gigante integrada por muchas serpientes más pequeñas. Esta forma tiene las ventajas de permitir que estire cualquier parte de su cuerpo grandes longitudes, regenerar cualquier herida infligida sobre él y utilizar de varias maneras las serpientes que lo componen para el ataque. La culminación de su investigación en inmortalidad se puede también encontrar en esta forma, pues permite que transfiera a un nuevo cuerpo su alma una vez cada tres años y que escape de los efectos de la vejez. Al principio de la serie,Orochimaru dice haber utilizado la capacidad dos veces, aunque una mirada dentro de su subconsciente sugiere que él lo haya utilizado más.
Primera parte
Examen de Chūnin
Antes del comienzo de los exámenes de Chūnin, Orochimaru se alía con la Aldea Oculta de la Arena, con la intención de invadir Konoha juntos. Después de matar al cuarto Kazekage, Orochimaru se disfraza como él para dar la ilusión de la aprobación del líder de la aldea, y la aldea acepta tomar parte en la invasión de Konoha. Antes de que la invasión comience, Orochimaru mata y personifica a una Genin de la hierba y se incorpora a los exámenes con la esperanza de conseguir observar al hermano de Itachi Uchiha, Sasuke Uchiha. Durante la segunda fase de los exámenes, Orochimaru ataca a Sasuke para probar sus capacidades.
Durante la batalla, sin embargo, Orochimaru se ve forzado a tratar con Naruto Uzumaki. Reconociendo a Naruto como una amenaza potencial, Orochimaru sella el chakra del zorro, evitando que Naruto le tenga acceso y que lo golpee. Después de que la atención de Orochimaru vuelva a Sasuke, éste decide sostener un combate con él, debido al ejemplo de Naruto. Como recompensa a Sasuke por llevar a cabo esa batalla contra él, Orochimaru le pone el sello maldito del cielo, y desaparece en el bosque circundante.
A medida que Orochimaru continúa supervisando el progreso de Sasuke a través de los exámenes, comienza a preocuparse de la influencia de Naruto Uzumaki sobre él. Debido a esto, el sannin decide a que debe separar a Sasuke de Naruto tan pronto como pueda.
Invasión de Konoha
Disfrazado como el cuarto Kazekage, Orochimaru mira los combates finales del examen de Chūnin con el Tercer Hokage. Cuando la invasión de Konoha comienza, Orochimaru se quita su disfraz, revelando que él planeó la invasión con el único propósito de conseguir matar al tercero, así como el secuestro de Sasuke. Cuando los dos comienzan la batalla, Orochimaru resucita los dos primeros Hokage de modo que el tercero pueda experimentar como es luchar con su anterior maestro.
Los dos Hokage muertos luchan contra el tercero y este en clara inferioridad se ve forzado a usar el jutsu del cuarto para sellar sus almas. Después de que derrota a los dos Hokage, el tercero vuelve su atención a Orochimaru e intenta sellar también su alma. Detectando lo que está intentando el tercero, Orochimaru atraviesa el tercero por la espalda con la espada de Kusanagi, y el tercero pierde la fuerza necesaria para sellar completamente el alma de Orochimaru. Haciendo uso del poco poder que le queda, el tercero sella los brazos del sannin en un intento por compensar que dejara escapar a su alumno años atras. Al hacer eso, le impide utilizar cualquier jutsu, dejando a Orochimaru en un estado peor que la muerte.
Búsqueda de Tsunade
Como resultado del sellado de sus brazos, Orochimaru se queja de un gran dolor, y busca a su anterior compañera de equipo, Tsunade, con la esperanza de que ella pueda restaurar sus brazos. Al encontrarla, la oferta de Orochimaru como pago son resucitar a su antiguo amor y a su hermano pequeño. Aunque ella considera la oferta, después de la reunión con Naruto Uzumaki, ella declina la oferta, sabiendo que Orochimaru destruiría Konoha si le cura los brazos. Ella procura matar a Orochimaru, aunque Kabuto Yakushi lo evita. Sin embargo, Kabuto cae derrotado y Orochimaru se ve forzado a hacer frente no sólo a Tsunade, si no a Jiraiya también. En su estado debilitado,Orochimaru no puede presentar mucha oposición en la lucha contra los dos y cae derrotado a pesar de haber convocado a Manda. Huye de la batalla, decidiendo tomar un nuevo anfitrión.
La recuperación de Sasuke
En un esfuerzo de intentar usar el jutsu, Orochimaru envía a sus cuatro secuaces, los cuatro del sonido, para traerle a Sasuke Uchiha de modo que pueda asumir el control de su cuerpo. Espera de verdad la llegada de Sasuke pues el dolor causado por la necrosis en sus brazos, inducidos por el sello del tercero, llega a ser inaguantable y hace inutilizable a su cuerpo. Aunque intenta resistir esperando que llegará Sasuke a tiempo, Orochimaru se fuerza a cambiar al cuerpo de Gen'yumaru, a pesar de que Kabuto se había preparado para él. Sasuke llega, aunque Orochimaru debe estar en su nuevo cuerpo por los tres próximos años, así que comienza a entrenar al joven Uchiha para cumplir su promesa de darle a Sasuke el poder que vino a buscar.
Segunda parte
Reencuentro con el Equipo Kakashi
Orochimaru reaparece después del relleno cuando usa a Kabuto para intentar matar a su compañero anterior de la Organización Akatsuki, Sasori, que en realidad es Yamato disfrazado. Como Yamato llama al resto de su equipo para que le ayude, Orochimaru se enfrenta a Naruto Uzumaki que está entre ellos, y le provoca diciendo que Sasuke ha conseguido más poder que él. Enfurecido por las palabras de Orochimaru, Naruto usa la forma de cuatro colas de Kyūbi y ataca al sannin. Aunque Orochimaru parece gozar de la batalla, los ataques de Naruto son extremadamente potentes y le ponen en situaciones cercanas a la muerte. Después de bloquear el ataque más poderoso de Naruto, Orochimaru intenta rechazarle con su Kusanagi, que apenas puede detener al poderoso jinchuuriki
Debido a que debe ejercer mucho esfuerzo en el combate, el cuerpo de Orochimaru comienza a flaquear al ser llevado llevado a su límite y debe huír. Mientras que intenta acercarse a Sai, que le propone una alianza a nombre de su organización, para destruir Konoha. Orochimaru acepta, y trae a Sai con él a su escondrijo, donde, al llegar declina su cuerpo. Como él se niega, Sai deja a Orochimaru y se alía con el equipo 7, el sannin lo enfrenta en un esfuerzo de determinar dónde yacen las lealtades del joven ninja realmente. Siendo excedido en número, y todavía cansado de su lucha con Naruto Uzumaki, Orochimaru se ve forzado a dejar ir a Sai. Orochimaru reaparece más adelante para apartar a Sasuke del equipo 7, Sasuke, queriendo hacer lo que sea necesario para hacer la matanza Itachi Uchiha más fácil, acepta, y desaparece con su maestro.
El desafío de Sasuke y la derrota del Sannin
Orochimaru aparece con Sasuke después de que el último haya derrotado un gran grupo de ninjas. Admirando la capacidad de Sasuke para derrotar al grupo sin ser dañado, Orochimaru piensa que el talento de Sasuke ha sobrepasado incluso el suyo a la edad de Sasuke y esta encantado por el hecho de que el cuerpo de Sasuke pronto será el suyo. Mientras que Orochimaru yace en su cama, el cuerpo que él habita comienza a fallar, Sasuke lo ataca. Indicando que él no tiene nada bueno que aprender de Orochimaru, Sasuke activa su sello maldito y su Sharingan. Al prever esto, Orochimaru revela su forma verdadera como preparación de tomar el cuerpo de Sasuke. Después de avanzar al nivel 2 de su sello maldito, Sasuke puede desmembrar al sannin, matando aparentemente a éste.
Mientras que retrocede su sello maldito, Sasuke se encuentra paralizado por el veneno de Orochimaru, este se regenera de modo que puede tomar el cuerpo de Sasuke. Éste es transferido a una dimensión dentro de Orochimaru y comienza a tomar el control del cuerpo del joven Uchiha, aunque éste procura utilizar su Sharingan para detener el proceso. Cuando Kabuto entra en el cuarto, encuentra a Sasuke tranquilo y la forma verdadera de Orochimaru desmembrada por completo. Cuando Sasuke sale del cuarto, Kabuto pregunta si él es Orochimaru o Sasuke. Éste utiliza su Sharingan para mostrarle la confrontación final entre los dos en la dimensión de Orochimaru, de la cual Sasuke sale como vencedor, aunque Orochimaru sigue vivo en su interior, dormitando, de la misma forma en que otros han estado dentro de él antes.
Kabuto Yakushi revela que insertó en su cuerpo los restos de Orochimaru, con la esperanza de volverse más fuerte. Estos al parecer se están apoderando de él gradualmente, ya que su ojo izquierdo se ha puesto igual al de Orochimaru. Hinata vio con su byakugan dentro de él y se vio una pelea entre los dos chakras.
Saga Actual
Avanzada la batalla entre Sasuke e Itachi Uchiha, el mayor de los hermanos se ve forzado a usar la técnica definitiva de su Mangekyō Sharingan, el Susanō, después de haber fallado con Tsukuyomi y Amaterasu y haber sido herido por el Kirin de Sasuke. El joven uchiha está sin técncias o chakra y el sannin aprovecha la coyuntura para ofrecerle su ayuda y derrotar su hermano. Sasuke claudica y libera el chakra que retenía a Orochimaru, este emerge con su Yamata no jutsu sobre Itachi, pero el Susanō se deshace de las cabezas de la gran hidra. El sannin emerge de una de ellas con su espada Kusanagi y se dispone a tomar el cuerpo de Sasuke, no obstante la espada de Totsuka de Susanō traspasa al sannin y lo sella en un mundo de genjutsu eterno, haciendo que se retire definitivamente de Sasuke, que permanece de rodillas y a merced de Itachi.
Todo el chakra de Orochimaru es sellado por el Susanō, no obstante una pequeña serpiente blanca logra escapar y esconderse entre los escombros y permanecer oculta mientras Itachi logra tener a su merced a Sasuke, no obstante el mayor de los Uchiha pierde sus fuerzas finalmente y se desploma al tiempo que su Susanō desaparece, Sasuke mira al cielo y la pequeña serpiente blanca sale de su escondrijo. El Amaterasu no obstante se extiende al bosque cercano y las llamas oscuras alcanzan a la pequeña serpiente blanca en su huída, calcinándola en cuestión de segundos.
Técnicas
* Kanashibari no Jutsu: Consiste en paralizar al enemigo de un solo golpe. En este caso Orochimaru lo utiliza para matar o colocar el Juin no Jutsu (técnica del sello maldito).
* Gogyo Fūin(Sello de los 5 elementos):consiste en crear un sello utilizando los 5 elementos de la naturaleza. En el caso que se ve en el anime sirve para que con el sello de las 4 estaciones, Naruto Uzumaki no pueda utilizar el Chakra de Kyūbi correctamente.
* Juin no Jutsu(sello maldito): este sello sirve para que el que lo tenga no pueda usar el Chakra correctamente, pero el que lo domina tiene un poder increíble. Orochimaru lo coloca mordiendo a la víctima, y solo el 10% de los que lo tienen puede sobrevivir. Si este sello es muy usado sin saber dominarlo, el cuerpo se volverá en un esclavo de Orochimaru, y el alma se perderá. Se sabe que la sangre de Juugo posee la esencia del sello maldito.
* Ninpō Sōja Sōsai no jutsu: técnica de suicidio que Anko Mitarashi y Orochimaru casi lo utilizan. No se conoce su procedimiento, ya que en el último momento es cancelado. En el videojuego Naruto Ultimate Ninja 3 se muestra como Anko usa esta técnica que convoca 2 serpientes gigantes que rodean por completo a Anko y al enemigo y explotan.
* Kuchiyose, Edo Tensei (Invocación, Mundo impuro de la resurrección) : Esta técnica resucita a un alma muerta, pero es necesario un sacrificio humano para poder ser utilizada, ya que devuelve a la vida a una persona.
* Furo Fushi no jutsu (Técnica de la inmortalidad): Esta es la técnica existente que más reglas rompe, ya que se introduce en un cuerpo para siempre, eliminando definitivamente el alma del cuerpo. Orochimaru la utiliza para ser inmortal, si la personalidad del absorbido es lo suficientemente poderosa, puede influír en la de Orochimaru, esta técnica posee un gran punto débil y es que puede ser anulada e incluso revertida por un usuario del Sharingan. Orochimaru sufrió esos efectos y fue sellado con su propia técnica en el cuerpo de Sasuke Uchiha.
* Sanjū Rashōmon (Tres puertas Rashōmon): Esta técnica fue usada por primera vez en la batalla de Orochimaru contra Naruto Kyubi cuatro colas. Consiste en convocar tres puertas casi impenetrables que protegen a Orochimaru, esta es su defensa máxima no obstante Naruto logra destruirla con su gran disparo de energia.
* Kawarimi no jutsu: Técnica del reemplazo, consiste en transferir el cuerpo a otro emplazamiento, esta técnica se usa para evadir un daño ya hecho sobre el propio cuerpo. La técnica es extremadamente difícil de detectar pero como contrapartida el gasto de chakra es muy considerable, por lo que debe usarse con mesura. Sasuke copió esta técncia de Orochimaru tras absorber sus habilidades.
* Yamata no jutsu: Mediante esta técnica Orochimaru crea una descomunal hidra con un poder destructivo considerable, se sabe poco acerca de esta técnica, pero parece ser una parte del propio cuerpo de Orochimaru una vez usada y difiere del Kuchiyose no jutsu.
* Marca Gedo: Técnica utilizada por Orochimaru en una saga de relleno y en el videojuegoNaruto Ultimate ninja 2.La Marca Gedo és una técnica prohibida que se divide en 3 categorias:
1. ·Marca Gedo:Sello;Anula por completo la barrera de sangre de la víctima.
2. ·Marca Gedo:Confusión;Toma el control permanente de la víctima hasta que este derrote a su "yo" maligno.
3. ·Marca Gedo:Anulación;Anula los efectos de las anteriores Marcas Gedo.
La cantidad de chakra que requiere cada una de las marcas es bastante alta(Un 40 o 50%)
